Kořen má vlastně dvě funkce – zásobit dřevinu vodou a živinami a upevnit ji v půdě. Ale když se mluví o kořenu, myslí se tím celý systém, který je tvořen kořeny hlavními, vedlejšími a kořenovým vlášením. Z hlavního kořene tedy vyrůstají vedlejší kořeny druhého řádu a z nich kořeny třetího řádu, které mohou být dlouhé i několik metrů. Kořenové vlášení vyrůstá po celé délce kořenů třetího řádu. Roste velmi rychle a má výbornou schopnost obnovy.
Kořeny ovocných stromů se rozkládají ve svrchních vrstvách půdy, ale zároveň pronikají i do hloubky. Mohou prorůst až do hloubky 10 m a rozrůstat se až do 15 m od kmene, záleží také na klimatických a půdních podmínkách. Kořenový systém se většinou shoduje s tvarem koruny, takže čím vyšší je koruna (např. u hrušně), tím hlubší je i kořenový systém. Druhy s menšími nebo plochými korunami mívají kořenový systém plošší. A je zajímavé, že jakmile klesne teplota pod 0 °C, kořeny téměř nerostou.
